In der Abteilung Steuern sind u.a. die Referate für Personal und Organisation angesiedelt. Das Personalreferat ist zentral für das Personalwesen der Thüringer Landesfinanzdirektion und der Finanzämter im Freistaat zuständig. Zudem obliegen dem Referat die Auswahl und Einstellung von Nachwuchskräften und die Fortbildung der Beschäftigten der Thüringer Steuerverwaltung. 

Das Organisationsreferat koordiniert die Aufbau- und Ablauforganisation der Thüringer Landesfinanzdirektion und der Finanzämter. Im Referat ist daneben die Zuständigkeit für den Leistungsvergleich zwischen Finanzämtern und für die Geschäftsprüfung angesiedelt. Auch wird hier der Personalbedarf für den Geschäftsbereich geplant. 

Vier nach Steuerarten gegliederte Referate üben die Fachaufsicht über die zwölf Thüringer Finanzämter aus und unterstützen diese bei ihrer täglichen Arbeit. Ziel ist es, eine einheitliche Steuerfestsetzung und -erhebung sicherzustellen und den Finanzämtern auch in steuerlichen Detailfragen als kompetenter Ansprechpartner zur Seite zu stehen.

Ansprechpartner für die Steuerpflichtigen sind die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Thüringer Finanzämter. 

Vier weitere Referate sind für die automationstechnische Unterstützung der Thüringer Landesfinanzdirektion und der Finanzämter zuständig. Zu den Aufgaben gehören sämtliche mit der Planung, Koordinierung, Administration und Betreuung der Informations- und Kommunikationssysteme zusammenhängenden Tätigkeiten. 

Die Thüringer Landesfinanzdirektion ist im Freistaat Thüringen die Aufsichtsbehörde für die Lohnsteuerhilfevereine, die ihren Sitz im Aufsichtsbezirk haben, sowie für alle hier ansässigen Beratungsstellen der Lohnsteuerhilfevereine.