Bei der Erfüllung seiner gesetzlichen Aufgaben wird das Thüringer Landesamt für Verfassungsschutz von verschiedenen öffentlichen und parlamentarischen Stellen kontrolliert. Hervorzuheben sind dabei das Thüringer Innenministerium, das die Rechts- und Fachaufsicht über das Landesamt ausübt sowie die Kontrolle durch die Parlamentarische Kontrollkommission des Thüringer Landtags, die G10-Kommission des Landtags, den Thüringer Landesbeauftragten für den Datenschutz und den Thüringer Rechnungshof.