Eine traditionelle, z.B. im Namen des "Kultus"ministeriums bewahrte Aufgabe sind die so genannten geistlichen oder Kirchenangelegenheiten.
Seit der Weimarer Republik ordnen und verwalten die Religionsgesellschaften (und die Weltanschauungsgemeinschaften) ihre Angelegenheiten selbständig innerhalb der Schranken der für alle geltenden Gesetze. Die heutige Aufgabe besteht deshalb in der Anwendung des Staatskirchenrechts, das die rechtliche Beziehung des Landes zu den Religions- und Weltanschauungsgemeinschaften bestimmt. Insofern befasst sich das Thüringer Kultusministerium vorrangig mit den Kirchen, den anderen Religionsgesellschaften und den Weltanschauungsgemeinschaften, mit den religionsverfassungsrechtlichen Fragen der Religionsfreiheit, Fragen der Neutralität des Staates in religiös-weltanschaulicher Hinsicht, des öffentlich-rechtlichen Körperschaftsstatus und den kirchlichen Stiftungen des öffentlichen Rechts, den staatlichen Stiftungen des öffentlichen Rechts im Bereich von Religions- und Weltanschauungsgemeinschaften, dem Religions- und Ethikunterricht oder dem Fach Berufsethische Grundfragen, den Theologischen Fakultäten an den Hochschulen des Landes.
Eine besondere Aufgabe stellt die Entwicklung der vertragsstaatskirchenrechtlichen Grundlagen dar. So wurden federführend durch das Thüringer Kultusministerium Staatskirchenverträge und zwar 1993 mit der Jüdischen Landesgemeinde Thüringen, 1994 mit den evangelischen Landeskirchen und 1994, 1997 sowie 2003 mit dem Heiligen Stuhl geschlossen. Diese werden ergänzt durch Personalgestellungsverträge, um bei Fehlen von ordentlich ausgebildeten Religionslehrern im Landesdienst die Erteilung des staatlichen Religionsunterrichts zu gewährleisten.