Die Tagesordnungen der MPK ergeben sich aus den Themenanmeldungen der Länder und aus der Fortsetzung der Beratungen über die Themen vorangegangener Konferenzen. Bei besonderen Themen erfolgt die Beratung in vertraulichen Gesprächsrunden, den sog. Kamingesprächen, an denen anders als in MPK-Beratungen nur die Regierungschefs selbst ohne Mitarbeiter teilnehmen. Inhaltliche Schwerpunkte der MPK-Beratungen der letzten Jahre waren die  Europapolitik, die Föderalismusreform, die Bund-Länder-Finanzbeziehungen, die  Medienpolitik und Fragen der Bildungspolitik.

Klassische Aufgabe der MPK ist auch der Abschluss von Staatsverträgen und Abkommen unter den Ländern oder mit dem Bund. Besonderer Schwerpunkt ist hierbei der Medienbereich mit den Rundfunkstaatsverträgen bzw. Rundfunkgebührenstaatsverträgen.