Das Referat Abwasser wirkt darauf hin, dass die Gewässer nach Menge und Güte zum Wohl der Allgemeinheit bewirtschaftet werden und im Einklang mit ihm auch dem Nutzen Einzelner dienen können und schädliche Abwassereinleitungen in Gewässer vermieden oder nach dem Stand der Technik minimiert werden. Dieser Gewässerschutz wird im Referat sowohl durch eigene Vollzugsaufgaben als auch durch die Fachaufsicht über die unteren Wasserbehörden gewährleistet.

Aufgaben im Bereich der Abwasserabgabe:

• Festsetzung der Abwasserabgabe für kommunale und gewerblich-industrielle Einleiter
• Verrechnung der Abwasserabgabe mit Investitionen für Abwasserbehandlungsanlagen und Kanäle
• Prüfung von Anträgen auf Stundung, Erlass und Niederschlagung von Abwasserabgaben
• Durchführung von Widerspruchsverfahren, soweit die angefochtenen Bescheide den Zuständigkeitsbereich des Referates betreffen

• Wahrnehmung aller wasserrechtlichen Belange im Zusammenhang mit der Einstellung  des Wismutbergbaus
• Wahrnehmung aller wasserrechtlichen Belange im Zusammenhang mit dem Kalibergbau, Vertretung des Landesverwaltungsamtes im Koordinierungsausschuss Salzabwasser Hessen-Thüringen (KoSaAb), Mitwirkung am Runden Tisch Gewässerschutz Werra/Weser und Kaliproduktion
• Durchführung von Planfeststellungs- und Plangenehmigungsverfahren zur Herstellung von Gewässern in Tagebaurestlöchern des Braunkohlebergbaus

Aufgaben im Bereich des Wasserbuches:

• Führung des Wasserbuchs für den Freistaat Thüringen. Hierzu gehören u.a. die Prüfung der Berechtigung von Eintragungen in das Wasserbuch sowie die Löschung beendeter Benutzungen.
• Auskünfte über Eintragungen in das Wasserbuch des Freistaates Thüringen, nach Prüfung des Nachweises eines berechtigten Interesses erteilen

• Genehmigung von kommunalen und industriellen Abwasserbehandlungsanlagen, die der Pflicht zur Durchführung einer Umweltverträglichkeitsprüfung (UVP) unterliegen und für organisch belastetes Abwasser von mehr als 3000 kg/d BSB5 (roh) oder für anorganisch belastetes Abwasser von mehr als 1500 m3 Abwasser in zwei Stunden ausgelegt sind.
• Erteilung von wasserrechtlichen Erlaubnissen zur Einleitung von Abwasser aus Abwasserbehandlungsanlagen in ein Gewässer, für deren Genehmigung die Obere Wasserbehörde zuständig ist.
• Erteilung von Erlaubnissen zur Einleitung von Abwasser in ein Gewässer, sofern diese mit einem Vorhaben in Verbindung stehen, das genehmigungsrechtlich der Spalte 1 der 4. BImSchV zu zuordnen ist
• Genehmigung zur Einleitung von Abwasser in öffentliche Abwasseranlagen, sofern diese mit einem Vorhaben in Verbindung steht, das genehmigungsrechtlich der Spalte 1 der 4. BImSchV zuzuordnen ist
• Prüfung und Bestätigung der Abwasserbeseitigungskonzepte der öffentlichen Abwasserbeseitigungspflichtigen für die Erstattung des Tilgungsanteils Abwasser nach Thüringer Kommunalabgabengesetz
• Anerkennung sachverständiger Stellen nach Thüringer Abwassereigenkontrollverordnung, Thüringer Indirekteinleiterverordnung und Thüringer Verordnung über Anlagen zum Umgang mit wassergefährdenden Stoffen
• Vollzug der im Rahmen der Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie zugewiesenen Aufgaben; derzeitig liegt der Schwerpunkt dabei auf der Realisierung der Maßnahmen aus Bewirtschaftungsplan und Maßnahmeprogramm.