Nach Anhang II des Artikels 4 der Wasserrahmenrichtlinie sind die Oberirdischen Wasserkörper innerhalb der Flussgebiete nach Fließgewässertypen zu unterscheiden. Die so genannten "typspezifischen Referenzbedingungen" charakterisieren dabei die weitgehend natürlichen Verhältnisse, den "sehr guten ökologischen Zustand". Sie sind somit das Leitbild, das den naturnahen, durch menschliche Tätigkeit nahezu unbeeinflussten Zustand des betrachteten Gewässerabschnittes beschreibt. Die Fließgewässertypologie wurde einheitlich für die Bundesrepublik Deutschland entwickelt und gewährleistet damit flächendeckend vergleichbare Ergebnisse.

Die Umsetzung der EG-Wasserrahmenrichtlinie (EG-WRRL) erfordert unter anderem die Überwachung des ökologischen Zustands nach biologischen und physikalisch-chemischen Qualitätsmerkmalen. Der Fischfauna kommt unter den biologischen Qualitätskomponenten künftig eine größere Bedeutung zu. Es sind hier referenzbezogene Beurteilungen hinsichtlich ihrer Artenzusammensetzung, der Abundanzverhältnisse (Häufigkeit des Vorkommens) und der Altersstruktur durchzuführen. Die Klassifizierung des ökologischen Zustands von Fließgewässern ist bezogen auf einen typspezifischen Referenzzustand vorzunehmen, der unter weitgehend unbeeinträchtigten Bedingungen zu erwarten ist.

Auf der Grundlage der längszonalen Abfolgen, die innerhalb eines bestimmten Fließgewässertyps auftreten können und des natürlichen zoogeographischen und regionalen Faunenunterschiedes wurden für die 9 Fließgewässertypen in Thüringen 22 Fischtypen festgelegt. Jedem Fischgewässertyp sind unter Einbeziehung von verifizierten historischen Informationen über Fischbestände, geeigneten rezenten Fischbestandsdaten und Expertenwissen fischfaunistische Leitbilder zugeordnet. Hiermit ist die Basis für das neue Fischbewertungsverfahren geschaffen.

Der fischfaunistische Referenzkatalog stellt zugleich eine fachliche Grundlage für die fischereiliche Bewirtschaftung dar.