Agrarökologie widmet sich den Wirkungszusammenhängen von Klima, Pflanze, Tieren und Boden in Lebensräumen, die landwirtschaftlich, also mit dem Ziel der Herstellung von Nahrungsgütern und Rohstoffen, genutzt werden. Darüber hinaus werden Lebensräume betrachtet, die durch Landwirtschaft in benachbarten Räumen aufgrund von Stoffein- oder Austrägen beeinflusst werden. Das Ziel der angewandten Agrarökologie besteht in einer nachhaltigen Ressourcennutzung. Das bedeutet, die Schutzgüter Boden, Wasser und Luft nur soweit in Anspruch zu nehmen, dass die Funktionen von Ökosystemen in größtmöglichem Umfang bewahrt werden. Das dient der Erhaltung von Biodiversität bei gleichzeitiger Verfolgung ökonomischer und sozialer Ziele durch die Landwirtschaft.
Das landwirtschaftliche Fachrecht ist durch eine Vielzahl von Regelungen ausgestaltet, die den Rahmen der guten fachlichen Praxis landwirtschaftlicher Produktion in oben genanntem  Sinne abstecken. Deren Einhaltung wird zunehmend mit finanziellen Transferleistungen im Bereich der Landwirtschaft verbunden.