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Das Landesarchivwesen fußt auf den gewachsenen Archivstrukturen der Thüringer Kulturlandschaft. Alle Thüringischen Staatsarchive sind darin fest verwurzelt und haben eine mehrere Jahrhunderte zurückreichende Geschichte, welche die Entwicklung der thüringischen Kleinstaatenwelt in den vergangenen Jahrhunderten widerspiegelt. Das Archivnetz des Freistaates hat seine Knotenpunkte noch immer in den ehemaligen Residenzen, und in der Tektonik der Thüringischen Staatsarchive in Altenburg, Gotha, Greiz, Meiningen, Rudolstadt und Weimar bilden sich noch deutlich die historischen Behördenstrukturen jener Territorialstaaten ab, deren Staatswesen mit der Aufhebung der Monarchie 1918 unterging.
Das Archivwesen des heutigen Freistaates Thüringen ist jedoch ein Resultat des historischen Zusammenschlusses der thüringischen Einzelstaaten zum Land Thüringen im Jahr 1920. In dessen Folge entstanden 1923 aus den staatlichen Archiven der bisherigen Fürstentümer die Thüringischen Staatsarchive, denen 1932 mit der „Thüringischen Archivordnung“ ein gesetzlicher Rahmen gegeben wurde. Nach der Auflösung der Länder in der DDR 1952 verloren diese Staatsarchive ihre Bindung an die nicht mehr existente föderative Struktur, bekamen aber nach der Wiederentstehung des Landes durch die deutsche Wiedervereinigung von 1990 unter der Kulturhoheit des neuen Bundeslandes einen neuen Status als öffentliche Archive des Freistaates Thüringen.
Mit der Aufnahme der Tätigkeit des Archivreferates im Thüringer Wissenschaftsministerium (heute Thüringer Ministerium für Bildung, Wissenschaft und Kultur) im März 1991 begann der Aufbau des neuen Landesarchivwesens in Thüringen, das mit dem Thüringer Gesetz über die Sicherung und Nutzung von Archivgut vom 23. April 1992 die heute noch gültige Rechtsgrundlage erhielt. Mit dem Thüringer Archivgesetz ist der Rahmen für die Organisation und Zuständigkeit der Thüringischen Staatsarchive abgesteckt worden.
Als oberste Archivbehörde fungiert das Thüringer Ministerium für Bildung, Wissenschaft und Kultur, dessen Archivreferat die Dienst-, Fach- und Rechtsaufsicht über die sechs nachgeordneten Thüringischen Staatsarchive ausübt. Von diesen ist nach der Thüringer Verordnung über die Zuständigkeit der Staatsarchive vom 7. Juni 1994 das Thüringische Hauptstaatsarchiv Weimar funktional für die obersten und oberen Landesbehörden des Freistaates zuständig, während die funktionale Zuständigkeit aller Staatsarchive für die nachgeordneten Behörden des Bundes und des Landes im Freistaat Thüringen durch einen zugewiesenen Archivsprengel bestimmt wird.
Die Thüringischen Staatsarchive haben als Führungsinstrument seit 2002 die Konferenz der Leiter der Thüringischen Staatsarchive, mit der das Ziel verfolgt wird, sich untereinander über archivfachliche Fragen zu verständigen, gefundene Regelungen einheitlich in den Archiven umzusetzen und die oberste Archivbehörde bei entsprechenden Fachfragen zu beraten bzw. dieser Entscheidungsvorschläge zu unterbreiten. Sie bestimmt für die Dauer von jeweils zwei Jahren aus ihrem Kreis einen Vorsitzenden, der die Thüringischen Staatsarchive in ihrer Gesamtheit nach außen vertritt (z.B. auf der Konferenz der Archivreferenten des Bundes und der Länder).
Die allgemeine Verwaltung für Haushalt und Personal obliegt der Dienstleistungsfunktionen wahrnehmenden Gemeinsamen Verwaltung der Thüringischen Landesämter für Denkmalpflege und Archäologische Denkmalpflege und der Staatsarchive, die ihren Sitz in Erfurt hat. Die Gebäudeverwaltung der Archive in landeseigenen Liegenschaften und die objektbezogene Behördenverwaltung angemieteter Archivräume erfolgen durch den Landesbetrieb Thüringer Liegenschaftsmanagement in Erfurt.
Die Staatsarchive werden als Dienststellen durch berufene Leiter in der Position eines Direktors geführt. Sie haben eine von ihrer Größe abhängige Struktur und sind mit Dienstbibliotheken ausgestattet. Beim Thüringischen Hauptstaatsarchiv sind die Zentralwerkstätten für Reprographie und Restaurierung angesiedelt.
Die vom Freistaat unterhaltene Archivberatungsstelle hat ihren Sitz im Thüringischen Hauptstaatsarchiv in Weimar, ist aber eine nach dem Archivgesetz selbständige Einrichtung für die Beratung nichtstaatlicher Archive und Archivträger in Thüringen.